@icon変換は変換するだけのソフトですが、正しいアイコンを作るには素材作りの段階から注意するべきことがあります。
今回は、256色の素材について、変換を終えるまでの過程について説明します。また、これらは16色の場合にも応用できるでしょう。
結論から言うと、素材の背景色は「完全な黒=(0, 0, 0)」が望ましいです。そうしないと、特定の環境下で透過色が変になる、などの不具合が起きます。
それでも、絵を描く段階では、背景をわかりやすい色で塗りつぶす、という方も多いと思います。もし背景色をそのまま残したい場合は、描いている時の背景色とは別に黒いパレットを用意します。場所はどこでもかまいません。
素材を@icon変換で読み込んだら、メニューから [オプション > 保存時の背景色 > 黒にする] が選ばれていることを確認します。
メニューから [編集 > 透過マスクの編集] を開き、スポイトツールで背景を選択します。背景色部分がマスクになります。
あとは保存するだけです。完成したアイコンを改めて開いてみると、背景が黒に変わっていることが確認できます。

使わせていただきます。